ノーツサーバ自身が該当のフォルダに対してアクセス権がないのではないでしょうか? 手動にした場合は、エージェントを実行したユーザーの権限でフォルダにアクセスできると思いますが、スケジュールエージェントの場合は違ってくると思います。 後は、1つ1つデバック情報をlogに吐き出すようにして、どこでこけているのか確認するしか方法はないのでは? コードもわからず、これ以上は回答のしようもありません。