cert.idをcert.idで認証するとき、更新すべきnames.nsfをサーバに指定していれば、通常はサーバ上のnames.nsfの認証者文書が自動で更新されます。したがって、とくにバックアップ以外の目的で退避させる必要はありません。 また、お送りいただいた手順でも結果的にサーバ上names.nsfの認証者文書を更新することになるので、問題ないかと思います。念のために検証環境で試してみましたが、ちゃんと更新されました。 パブリックキーは、認証の前後でちゃんと変わっていますか？