私の手順でいうと、cert.idを再認証後に cert.idを「IDを調査」で確認し、「認証情報が増えていたら」 NGだったようです。 正しくは上書きされるとのこと。 これが解決できずに外部業者の方は全く外部のR5環境を用意し、 そこでR4のcert.idを認証してからR4環境に戻していました。 自力では対応できない解決方法でしたので、 とりあえずはぜんそく様の切り分けた手順を試されるのがよろしいかと思います。